傷寒的病原體是傷寒桿菌。傷寒桿菌隨被汙染的食物進入消化道後，在小腸內增殖。細菌在膽囊內繁殖，並隨膽汁不斷排入腸道。細菌長期存在於膽囊內，可使患者成為慢性攜帶者，並常伴有慢性膽囊炎，是傷寒的重要傳染源。壹部分隨糞便排出，壹部分通過腸黏膜再次侵入腸壁組織引起壞死和潰瘍。
中醫理論認為，濕熱病邪從口鼻入，主要積聚在脾胃，造成疾病損害。本病發病初期，主要病理變化是濕邪抑制齊威。濕熱郁證表現為頭痛、惡寒、身痛重、體熱低等健康證候；脾胃受損，運化失常，濕郁氣滯，則可見胸悶、脹滿、舌苔厚膩等分氣證。初期，雖然熱積於濕，但濕比熱證更重要。如果素食者體內的陽氣太強，邪氣就會從熱轉化為陽明胃經，如果素食者體內的陽氣太弱，邪氣就會從寒轉化為太陰脾經。病在太陰，濕重，陽明，濕重。濕熱化幹化火，能深入逼血。當血絡受傷時，就會出現斑疹和出血。腸絡出血過多，會使陽失血而死。長時間熱盛，會消耗陰道的津液，產生邪消、正衰、余邪不潔的證候。
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