腎結石的治療包括對癥治療(鎮痛)、排石(促進其排出或手術取出)、保護腎臟、尋找病因、治療代謝紊亂和預防復發。根據患者的具體情況，制定各種治療方案。結石不能視為局部疾病，大部分結石是全身代謝紊亂的表現。所以，結石取出後，並不能保證結石不再生長，但最根本的還是要找到病因，治療病因，糾正尿液成分的異常，防止泌尿系結石的復發。
壹.壹般療法:
1.利尿:增加飲水量，可降低尿液中成石成分的濃度，減少沈澱成結石的機會，促進小結石排出，有利於感染的引流。因此，結石患者要養成多喝水的習慣，每天尿量保持在2000 ~ 3000ml以上。
2.控制尿路感染:結石、梗阻、感染往往在體內形成惡性循環，所以當結石並發感染時，應在控制感染的情況下進行檢查和治療。根據結石，在受感染的尿液中形成的是磷酸鎂。
3.調整飲食:根據結石的成分決定預防結石的飲食；尿酸結石宜采用低嘌呤飲食，胱氨酸結石宜采用低蛋氨酸飲食。水果和蔬菜能使尿液變成堿性，對預防尿酸和丹寧酸結石有好處；肉類食物使尿液呈酸性，有利於防止結石感染。對於磷酸鹽結石，可采用低鈣低磷飲食，同時可服用氫氧化鋁凝膠。含鈣腎結石應避免高鈣、高鹽、高草酸、高動物蛋白、高動物脂肪、高糖，采取高纖維飲食。壹般認為，約有2/3的患者在堅持大量飲水和限制飲食後，可以降低結石的復發率。
4.發生腎絞痛時，應先緩解疼痛:對於嚴重腎絞痛、腹脹、惡心嘔吐的急診，經輸液、局部熱敷、註射阿托品、嗎啡阿托品或杜冷丁後，大多可緩解。針刺和耳針有鎮痛作用。註射吲哚美辛或氟聯苯丙酸有較好的鎮痛作用。5.碎石術:碎石術可用於任何成分、直徑小於0.5cm的結石，大部分可自行排出。
6.碎石術:
①單純尿酸結石:口服藥物溶解尿酸結石有效，如有腎造口可使用堿性藥物溶解尿酸結石，效果也不錯。多喝水，每日尿量保持在3000ml以上，調節尿液PH值至6.5 ~ 7.0，限制高毒素飲食，每日三次服用別嘌呤醇0.1g，降低尿酸含量。經過6 ~ 8個月的治療，結石可能會溶解。治療癌癥時，對於藥物引起的尿酸結石，要註意多喝水，堿化尿液。回腸造口術後有大量體液丟失時，應盡量防止因尿液過少和HCO3-大量丟失而引起的尿酸結石。
②胱氨酸結石:口服藥物和腎造口術溶解胱氨酸結石效果較好。除了每天早晚定時多喝水，每天可達3000~4000ml，並采取低蛋氨酸飲食外，還應堿化尿液至pH 7.0 ~ 7.5，每日三次可使用D-青黴胺或硫唑嘌呤150 ~ 400 mg，每日二至三次服用Vit和B6。近年來，由於D-青黴菌膠的藥物反應過度，選擇了溶解度更高、反應更少的藥物，如噻拉、地噻醇等。二硫醇的溶解度是D-青黴胺的3倍，胱氨酸結石口服和經腎造口管沖洗即可溶解。
③感染性結石的溶解:多年來僅有少數報道。但溶石時可能存在感染擴散至全身的風險。
④草酸鈣和磷酸鈣結石。至今未發現口服藥物溶石的可靠報道。近年來，聯邦德國發明的體外沖擊波碎石機對腎結石療效極佳，甚至成功治療鹿角形腎結石，以及經皮腎鏡碎石術、經尿道輸尿管鏡碎石術或超聲碎石術。據說上述療法可以替代過去90%需要手術的腎結石。因為沒有手術切口，術後恢復很快。但是，目前這種方法只能在國內少數大城市應用，而且價格昂貴。在某些情況下，如腎結石復雜、多發，感染了難以控制的結石，碎石容易發生危險的孤立性腎結石，以及需要糾正梗阻原因的腎結石，仍需采用或配合手術方法。
2.手術治療:手術治療的目的是取出結石。如果術後有殘留結石，會很快生長增大。孤立性結石療效顯著，腎結石多發、反復發作療效更好。手術指征是相對的。壹般認為直徑大於1.0cm的結石自行排出的可能性較小，尤其是常見的草酸鈣結石，因其表面不光滑而難以排出。手術治療包括:
1.切開腎盂或腎竇取石:優點是出血少，並發癥少，對單個腎結石療效最好。當大部分小結石位於腎盂時，可采用腎盂切開取石加凝塊法。手術中應註意不要損傷腎盂輸尿管連接部，以免術後狹窄。缺點是不容易取出腎盞內的結石，需要結合其他方法。
2.腎實質切開取石:方法是在腎外側後側或腎背側血管較少的“Brodel”線上做放射狀切口，甚至在腎盞上做小切口，取出腎盂、腎盞內的腎結石。
3.腎部分切除術:當多個結石集中在腎的壹極，難以取出時，可采用腎部分切除術。
4.腎切除:鹿角形或大量結石合並嚴重腎損害，並伴有嚴重腎積水或膿腎，對側腎臟正常時，會考慮腎切除。因腎結石而行腎切除術近年來逐漸減少。當腎結石壹側對著另壹側時，應首先進行嚴重梗阻的輸尿管切開取石術。雙側腎結石需要手術時，原則上如果總腎功能尚好，應首先給予梗阻嚴重的壹側；如果總腎功能較差，應首先選擇腎功能較好的壹側。如果結石難以取出，且患者病情嚴重，可通過膀胱鏡插管，將輸尿管引流入腎盂或先行腎造口術。必要時可在手術前後使用人工腎或腹膜透析。對於原發性尿路梗阻的腎結石，如腎盂輸尿管連接部狹窄，取石的同時需要進行腎盂成形術糾正梗阻。對於原發性甲狀旁腺功能亢進的腎結石患者，應先進行甲狀旁腺手術，術後部分腎結石可自行溶解。