1.皮膚念珠菌病的治療:可選擇外用藥物進行治療，如特比萘芬、克黴唑、萘替芬、布替萘芬、黴菌制劑、咪康唑、酮康唑等乳膏和軟膏制劑。酮康唑和兩性黴素B也可以口服。2、口咽及外生殖器念珠菌病:病情較輕。這可以用制黴菌素和氟尿嘧啶軟膏局部塗抹，也可以用克黴唑、酮康唑、氟康唑、伏立康唑片和兩性黴素b口服，制黴菌素混懸液和克黴唑片劑對口腔鵝口瘡的療效相同，但後者耐受性好。對於艾滋病患者，制黴菌素混懸液在治療口咽或食管念珠菌病方面不如克黴唑片或其他口服咪唑類藥物有效。氟康唑(片劑或混懸劑)和伊曲康唑(口服環糊精溶液)比酮康唑更有效。念珠菌性陰道炎患者也可使用咪康唑(1200mg)、克黴唑(500mg)、硼酸栓或兩性黴素B陰道泡騰片。
3.深部念珠菌病:兩性黴素B是治療深部念珠菌病的首選藥物，對播散性深部念珠菌病最有效，但不良反應也最大。兩性黴素B對肝腎有毒性，需密切監測腎功能和血鉀水平。播散性深部念珠菌感染引起多器官疾病時，可采用兩性黴素B(總療程2.0~3.0g)聯合氟胞嘧啶100mg/(kg·d)治療。
對於念珠菌性膀胱炎，大部分病例在拔除膀胱導管後即可治愈。如未治愈，可口服75 ~ 100mg/(kg·d)氟胞嘧啶7 ~ 14天。或口服氟康唑100 ~ 200mg/d 7 ~ 14天。氟康唑和兩性黴素B對念珠菌血癥患者有效。氟康唑每日劑量400 ~ 800 mg，共14天(先靜脈給藥，後口服)。兩性黴素B 0.5 ~ 1.0mg/(kg·d)7 ~ 14天。對於兩性黴素B耐藥或腎毒性等不良反應的患者，可以使用兩性黴素B脂質體。初始劑量為1 mg/kg/d，逐漸增加到3 ~ 5 mg/kg/d..氟康唑耐藥的患者可以用伏立康唑替代，伏立康唑是第三代三唑類廣譜抗真菌藥，活性是氟康唑的10 ~ 500倍。口服用藥，成人200 mg/次，2 ~ 12歲兒童1次/12 h，50 ~ 150mg/次。第壹天靜脈給藥6mg/kg，維持劑量3 ~ 4 mg/kg，1次/12 h，每日2次。對多種耐氟康唑和兩性黴素b的真菌感染有顯著療效。
第二，非藥物療法
在口咽部念珠菌病中，增生性白斑可通過冷凍、放射和手術治療。大多數念珠菌性心內膜炎患者需要心臟瓣膜置換手術作為藥物治療的輔助措施。處理眼部念珠菌病時，除抗真菌藥物外，還應配合眼科治療，並采用玻璃體切除術切除膿腫玻璃體，以防致盲。