早在周朝(公元前65438年+公元前0046年-公元前7765438年+公元前0年)就建立了世界上最早的醫院和醫療體系。周代的醫療機構設有大夫、上士、下士、府(掌管藥庫)、史(掌管記錄)和學徒。醫學有四種:飲食醫生(掌管飲食健康庫)、疾病醫生(內科)、選擇性醫生(外科)、獸醫。這是世界上最早的醫學分支。醫生負責醫政，年底考核醫生；《李周》記載“冬天要查點東西給他們做吃的”，也就是說醫生每年要通過年終考核來增減工資。當時患者已經在不同科室接受治療，並建立了病歷。“死後各書有因，歸大夫”，規定死者病歷中應寫明死因，然後送交大夫存檔，以便總結醫療經驗，提高醫療技術。這也是世界上最早的病歷系統。
春秋戰國時期(公元前770年-公元前221年)，秦國有很多名醫，齊國有常桑和他的徒弟扁鵲。扁鵲發明了獨特的中醫辨證論治，並將其概括為“四診”法，即“望、嗅、問、感”。扁鵲對醫療和行醫有“六治”原則:第壹，依仗權勢、驕橫跋扈者必亡；二是貪圖錢財，不顧性命；第三是暴飲暴食，吃無常者死；第四，病入膏肓，不及早就醫，必死無疑；第五，體弱不能服藥者死；第六，相信巫術，不相信醫療的人會死。後人尊稱他為扁鵲神醫。春秋戰國時期，主要的醫學著作有《黃帝內經》、《黃帝內經》、《扁鵲內經》、《扁鵲外經》、《白內經》、《白外經》、《辨篇》，合為七經。
在秦朝(公元前221-公元前207)，出現了世界上最早的專門法醫石林。秦律規定，死亡原因不明的案件原則上要進行屍體檢驗，司法人員違法不進行檢驗將受到處罰。法醫鑒定的方法和程序在秦朝的《封診》中有詳細記載。在人命案件中，鑒定和檢驗的主要內容包括屍體的位置、外傷的部位、數量、方向和大小。石林檢查後必須提交壹份書面報告，稱為“書面報告”，這是世界上最早的法醫鑒定和現場調查報告。秦朝也是世界上最早建立傳染病醫院，最早建立治療傳染病的隔離制度。據1975湖北雲夢睡虎地出土的秦簡記載，當時規定，凡經醫生檢查發現有塌鼻、手上無毛、聲音嘶啞、鼻腔刺激而不打噴嚏等癥狀者，壹律送往醫院隔離治療。這說明中國古代對傳染病的治療措施長期有效。
到了西漢時期(公元前202年-公元8年)，中醫的陰陽五行學說已經非常完備，名醫有太倉的淳於髡、恭城的楊青等。東漢出現了名醫張仲景、華佗。張仲景完善了中醫的辯證理論。他也是世界上第壹位臨床醫學大師，被譽為醫學聖人。著有《傷寒論》、《婦人方》、《黃素芳》、《舌論》、《治病方》等。最後流傳下來的醫書被後人編成了《傷寒論》和《金匱要略》。在《傷寒論》中，張仲景采用了辨證論治的基本原則，歸納為“辨證八綱”和“六經論治”。經過這兩種辨證論治的方法，他又用“八法”(發汗、吐、瀉、和、溫、清、補、消)治療疾病。“辨證八綱”是書中具體的辨證論治原則。所謂“八綱”(陰、陽、表、裏、寒、熱、虛、實)，是用“四診”(望、嗅、問、感)分析和檢查疾病的部位和性質而總結出來的，“六經論治”是臨床醫學中臟腑經絡的整體理論。東漢末年，華佗以精通外科和麻醉而聞名於世。華佗是世界上第壹個做麻醉手術的人。他發明的麻飛散是世界上最早的麻醉劑，他還創立了世界上最早的健身體操“五禽戲”之壹。可惜華佗的醫書《青囊書》最後被火燒了。到了漢代，大量醫學和歷法計算的書籍傳入西藏(《藏王實錄》有記載)。到了漢代，也出現了專門的婦科醫院。西漢時期的“療養院”是世界上最早的婦產醫院。
南北朝時期(420-589)出版了世界上最早的兩部兒科專著，即王默超的《小兒本草》和徐叔湘的《治療小兒小病雜方》。南宋元嘉二十年(公元443年)，秦奉太醫之命，創辦了世界上第壹所醫學院。到公元6世紀，隋朝完善了這壹醫學教育機構，命名為“太乙部”，分為醫部和藥部兩個部門。太乙令為最高官職，程為其輔佐，設有主任醫、大夫、藥師、醫學博士、助教、推拿博士、諸博士，在校師生多達580人。
到了唐代(公元618-907年)，孫思邈總結了前人的理論和經驗，收集了5000多個方劑，出版了《大醫精誠》、《千女方耀》、《千女方毅》三部醫學著作。後人尊稱他為藥王。唐朝以後，中國的醫學理論和著作廣泛傳播到土耳其、高句麗、日本、中亞和西亞。
唐末宋初，兒科專著《顱經》問世並大行其道，世界醫學史上第壹位著名兒科醫生錢乙(公元1032-1113)受此書啟發，寫下了著名的兒科巨著《小兒醫學證直訣》，後人尊稱錢乙。北宋年間(960-1127)，宋政府設立翰林醫學院，即禦醫局。醫學學科已經很完備了，中國的穴位也統壹了，地圖集也出版了。北宋宋詞發表了世界上最早的法醫著作《冤獄集》。
明代(1368-1644)名醫李時珍的醫學巨著《本草綱目》成書。這本書不僅是壹本藥理學專著，還包括植物學、動物學、礦物學和化學知識。《本草綱目》很快傳入日本、朝鮮和越南，並在17和18世紀被翻譯成多種歐洲語言。另壹方面，李時珍是世界上第壹個提出大腦負責精神感受、發現膽結石、用冰給高燒病人降溫、發明消毒技術的醫學家。此外，還有的《脈經》、皇甫謐的《針灸甲乙經》、陶弘景的《本草經註》、葛洪的《肘急方》、晁的《病因論》、的《新修本草》、王韜的《外臺秘笈》、元丹貢布的《四醫典》和《太平盛輝方》。從明朝開始，中醫發展達到頂峰，出現了很多醫學流派。與此同時，朝鮮研究中醫的所謂東方醫學也得到了極大的發展。比如徐軍寫的《東方醫學的寶藏》。
自清末以來，中國不斷受到西方列強的侵略，國運衰弱。同時，現代醫學(西醫)的湧入嚴重沖擊了中醫的發展。國內很多人提倡醫學現代化，傳統中醫受到了很大的挑戰。人們開始用西醫體系的思維模式來審視它，中醫陷入存廢之爭。同屬於中國醫療體系的日本中醫和韓國醫學也是如此。自2003年非典以來，古典中醫開始出現復蘇跡象。