扁平苔蘚大致類似於中醫所說的口腔真菌、癬、口腔潰瘍、口腔膿腫，多由濕熱蘊結，或氣滯血瘀，氣血不和，濕熱循經上行，口中熏蒸，或肝郁血虛，上火發炎所致。脾胃濕熱者，治以燥濕清熱解毒，用魏萍散合二妙散(蒼術、厚樸、陳皮、薏苡仁、黃柏、夏枯草、土茯苓、藿香、佩蘭、甘草)。肝經實火證通過清肝瀉火治療，使用龍膽瀉肝湯(龍膽草、黃芩、梔子、柴胡、當歸、車前子、生地、澤瀉、木通、甘草)。肝氣郁結，疏肝理氣解郁者，宜用丹梔逍遙散或柴胡清肝湯(柴胡、當歸、白芍、梔子、牡丹皮、茯苓、黃芩、川芎、香附、郁金、連翹、炙甘草)治療。血虛風燥者，滋陰養血，祛風潤燥，宜用地衣1號(當歸、生地、白芍、熟地、麥冬、女貞子、枸杞子、白鮮皮、牛膝、香附、旱蓮草)治療。陰虛內熱者，用六種地黃湯(生地黃、熟地黃、牡丹皮、茯苓、澤瀉、山藥、山茱萸、黃柏、知母、梔子、麥冬、墨旱蓮、天花粉、石斛)治療。氣血兩虛證用八珍湯(黨參、黃芪、白術、茯苓、澤瀉、當歸、制黃精、白芍、熟地、何首烏、石斛)益氣養血治療。氣滯血瘀證采用活血化瘀法治療，血府逐瘀湯加減(當歸、桃仁、紅花、川芎、赤芍、柴胡、香附、生地、玄參、陳皮、甘草)。局部可用青黛、爐甘石、嬰兒茶、冰片塗抹潰瘍面；吳茱萸醋敷湧泉穴；中成藥如青翠口散、雙料侯豐散、解毒生肌散、劉樺散、西瓜霜等也可用於患處。可以用金銀花、玄參、生地漱口。針灸可以起到輔助作用，取穴夏溪、中柱，耳針取神門、交感、皮質下、壓痛點。