原書失傳已久，但從《證本草》來看，此書所引藥物多達447種。《本草綱目》引用了各種本草的藥物，大部分都是本書所載的藥物，有368種。
此書的成功編撰，進壹步豐富了本草學的內容，為醫學的發展做出了貢獻。所以李時珍對其推崇備至，並加以評論，說:“其著述，富於書卷，精於核材，固索謬誤，尋根隱居，自本草以來，只為壹人。”
本草***10卷，分3部分。無論是藥學理論還是實際應用，都具有很高的學術價值。前言是1，相當於藥物的壹般介紹。
有692種(712種)藥物未被《新編本草》6卷收錄。每種藥物的名稱、來源、特性、加工、味道、毒性、功效、適應癥和禁忌癥都有詳細的描述。《爭議解決》三卷主要是解決老本草著作中藥物記載混亂的問題，考證品種，糾正錯誤，區分那些形態、性質、味道相近，容易混淆的。目前已知的藥物有269種。
陳藏奇不僅吸收了民間醫學的許多成果，而且在其《藥補》中敢於實踐，在理論和臨床應用上都有自己的見解。清代全王祖因陳藏琦在醫學上的貢獻，稱其為“四明醫學之祖”。本草學內容豐富，為中醫做出了很多貢獻。總而言之:
1.新增藥品692種。
這些毒品來源廣泛，既有內地的，也有沿海的，既有漢族和少數民族的毒品，也有從國外輸入的毒品，如罌粟(內地)、海馬(沿海)、蒼梧(壯族地區)、白菜(歐洲)。
2.創建藥物和藥物分類。
《本草綱目》的序言相當於總引子，理論上將藥方按其功效分為“十劑”。
(1)玄科祛庸(即三玄、沖月產品，用於治療胸悶、惡心等充血):生姜、橘皮屬。
(2)柯彤能祛郁(即通利產品用於治療乳郁或濕滯於臟腑經絡等癥):季芳木通屬。
(3)補能除弱(即滋補品用於治療各種虛弱證):人參、羊肉屬。
(4)瀉可閉(即瀉藥用於治療腑實便秘、肺實氣短等。):屬於鱗毛蕨屬和大黃屬。
(5)輕者可除(即以輕者蒲之品治外感六淫之邪，肌表無汗之證):麻黃、葛根。
(6)驅除恐懼很重要(即利用重鎮的產品治療心浮氣躁等精神恐懼癥狀):磁鐵和鐵粉屬於。
(7)滑可去(即用通淋藥治療濕熱凝滯所致的熱淋):錦葵子、榆樹屬。
(8)澀可除(即澀之品用於治療精、津、氣血消散滑脫的各種證候):牡蠣、龍骨屬。
(9)燥能祛濕(即燥濕之品可治水腫、腹脹、小便不利):桑白皮、赤小豆屬。
(10)燥濕可祛燥(即滋補品可用於治療幹咳無痰、口幹、便秘等。):和子同屬。
陳藏啟創立的藥物分類方法是根據藥物的性能進行分類，與現代的分類方法頗為相似。“十劑”也是我國早期根據方劑的性能和作用進行分類的方法。中國方劑學從《內經》的“七方”發展到唐代的“十劑”，陳藏奇在理論上作出了重要貢獻，從而為後世將方藥按功能分類奠定了基礎。
3.糾正古語。
至於藥性，正如他所指出的，“接骨木毒性很小，這個經絡雲是無毒的，這是不對的。”特別是他認為“姜黃熱而不寒，經(指唐本草)寒而誤之”，為後世臨床應用廣泛接受；關於品種，陳指出，陶弘景《名醫別錄》未能區分黃精和黃精之別，將黃精分為偏精和正精兩種。還指出了蘇公將女性陽痿、萎蔫分為兩種的錯誤，肯定了陶弘景《名醫別錄》的正確性，並引用史籍簡要說明了該藥的性能、形狀、特點和作用。他還指出，若桂、鬼母、桂心不是壹回事，同桂是若桂的壹個錯誤，這是有道理的。他還指出了前人混淆紫莖澤蘭和紫莖澤蘭的錯誤。關於藥物的作用，陳藏琪反駁了《神農本草經》中“波浪說”認為吃姜可以使人智力下降。
4.拓展藥物的功能、適應癥和用法。
(1).陳藏啟發展了許多藥物的臨床應用方法。如《神農本草經》中首次記載葛根，其味甘、辛、平。唐代以前多用於舒筋和胃、止瀉止痢，臨床常用葛根湯、葛根汁。《本草補》另辟蹊徑，提出葛根可以“蒸食，解酒，破谷不饑。做粉特別奇妙。”陳所謂的“葛粉”是葛根經水磨提取的壹種澱粉，味甘，性寒，生津止渴效果優於幹葛根。自陳藏琦提出葛根的新用法“制粉妙”，宋代《開寶本草》中記載“制粉:止渴利尿，解酒除煩”。此後，醫生在臨床上使用葛粉清熱除煩。另壹個例子是魷魚，這是壹種重要的海洋藥物資源。漢代只用其骨入藥，南北朝用其肉，唐代用其墨。在本草中，烏賊墨最早用於內服“治血刺心痛”，而在國外，烏賊墨通常被當作廢物扔掉。現代臨床證明，魷魚墨確實是壹種很好的全身止血劑，對婦科、外科、內科等出血有明顯療效，且無副作用。其作用機制是通過抑制纖溶酶活性減少纖溶，從而促進凝血。
(2)對於各種疾病的治療，陳藏奇也做出了許多新的創新。
比如他討論了礦泉水溫度形成的原因，認為“有硫，水就熱”，這在中國古代壹直占據主導地位，現代科學證明這是錯誤的。但陳藏啟進壹步指出:“硫磺治諸瘡，水也宜。水有硫磺味，應該比風冷。”我國用溫泉治療疾病最遲出現在東漢時期，陳藏琦正確地將瘡瘍等外科疾病作為溫泉浴療法的主要適應癥，古今醫家壹直沿用。
陳還記載了熱敷的獨特物理療法，如六月河中的熱沙條紋雲:“取幹沙使其極熱，蹲於其中，更易受涼，取熱透汗，治風濕、肌攣縮、足痛、冷風止癱。”這種沙浴療法在當代民間仍有很多人使用。他還指出，在進行沙浴療法時，壹定要把熱量和汗液排透，然後隨病服藥，避免寒風和辛苦。這說明他已經明白了沙浴療法結合藥物和飲食促進患者早日康復的意義。
陳藏奇還用化學方法治療外科疾病，如《艾草雲》:“艾草燒成灰，瀝汁，用石灰除息肉。”這無疑是將無機堿的腐蝕作用應用於息肉治療的早期實例。
陳藏琦的《本草集》是《新編本草》之後唐代民間藥物學專著的最大貢獻，其中不少藥物被後世本草引為正宗藥條，如《海藥本草》引2種，《開寶本草》引64種，《加友本草》引59種，《證本草》引488種。明代李自珍的《本草綱目》收錄了1，892種藥物，而《本草綱目集》則收錄了368種，約占1/5，其中動物藥111種礦物藥1種。此外，還引用了日本醫學著作《何舉抄》和《易信方》，證明外國醫生也很重視這本書。
美國加州大學教授謝弗也在《唐代外國文明》壹書中稱贊陳藏琦是“八世紀偉大的藥理學家”，並對比“壹個相對保守的藥理學家”說:“陳藏琦詳細而謹慎地記錄了唐代物質文化的許多方面。雖然這些記錄與醫學沒有直接關系，但它們對我們有很大的價值。《本草補》是陳藏琦的壹部巨著。顧名思義，這本書是對保守的官方藥學著作的補充。到了宋代，陳藏啟的後人尖銳地批評他在《本草綱目》中收錄了這麽多非正統的材料。但是，在我們看來，這些材料中含有許多中世紀早期剛剛使用的新藥物，因此具有很大的價值。”這些評價恰如其分地確定了陳藏奇在中國藥物學史上的重要地位。