花椒主要入藥分兩部分，花椒和花椒。生花椒微毒，辛溫，外用殺蟲止癢效果好，擅長治療疥瘡、濕疹或皮膚瘙癢。炒椒紅毒性降低，善溫中散寒，驅蟲止痛。內服對蟲積引起的腹冷痛、寒濕泄瀉、腹痛有明顯效果。花椒能利尿消腫，常用於治療水腫、腹水等疾病。椒紅每日用量3 ~ 6g，外用適量，煎湯熏洗；花椒每日用量9 ~ 15g。
花椒中含有揮發油(檸檬烯、香葉醇等。)和不飽和有機酸。現代藥理研究證實，花椒對炭疽、溶血性鏈球菌、白喉、肺炎球菌、金黃色葡萄球菌、檸檬色和白色葡萄球菌、枯草芽孢桿菌等革蘭氏陽性菌，以及大腸桿菌、宋內誌賀氏菌、變形桿菌、傷寒和副傷寒桿菌、綠膿桿菌、霍亂弧菌等腸道致病菌有明顯的抑制作用。可以去除肉的腥味；促進唾液分泌，增加食欲；擴張血管，降低血壓；去除寄生蟲；促進生殖腺的發育。能健胃，驅蛔蟲，有溫補強壯的功效。以下是關於辣椒的相關方劑:
脾腎陽虛、腰膝酸軟、牙齒松動者:將炒紅辣椒、制狗脊、炒杜仲等分，研成細粉，蜂蜜煉丸，每次3-9g，每日2次，連服壹周。
關節腫痛、肌肉萎縮、四肢癱:將炒紅辣椒、伸筋草、川牛膝等分，研成細粉，蜂蜜煉丸，每次3-9g，每日2次，連服兩周。
胃脹、溫壓、食欲不振:炒紅辣椒、高良姜、陳皮等分，研成細粉，蜂蜜煉丸，每次3-9g，每日2次，連服壹周。
肢體浮腫，腹水，腹脹，不眠不休:炒花椒，車前子，葶藶子等分，研成細粉，蜂蜜煉丸，每次3-6g，每日2次，連服兩周。
腸蛔蟲、膽道蛔蟲、嘔吐腹痛:炒紅辣椒9克、烏梅9克、清半夏9克，每日1劑，水煎2次，溫服2次，連服1周。
痛經、畏寒、肢冷、有紫血塊的婦女:炒紅辣椒、益母草、艾葉10g，每日1劑，水煎2次，溫服2次，連服1周。此法可治療寒凝血瘀引起的痛經。
脫發和斑禿:將10克生椒紅和10克生姜浸泡在10克白酒中，1周後使用。將幹凈的軟布浸在這種浸泡液中，在頭皮上摩擦，每天3-6次，持續兩周。
外痔腫痛患者:生椒紅15g，蒼術15g，黃柏15g各壹劑，每日壹劑，用開水沖泡於盆中。患者先用熱風熏洗患處，待水溫降至不太熱後再進行坐浴。整個過程大概20分鐘，每天早晚1次，持續壹周。
蛀牙腫痛:將生辣椒紅10克、蛇床子10克、黃柏10克用白酒浸泡壹周，濾渣，棉球蘸藥酒止痛。