古埃及人通過制作人類木乃伊和動物木乃伊，熟悉了人類和動物各種器官的形狀和位置，知道了壹些器官的功能。埃及象形文字中有超過100個解剖學名詞。在《埃伯斯紙莎草》中，有壹段關於人類心臟運動的專門記述:“醫生秘密的本質是心臟運動的知識。血管從心臟穿過人體的各個部位，所以任何醫生...會在摸他的頭，手，手掌，腳的時候到處摸心。因為血管從心臟延伸到人體的每壹個部位。”因此，埃及人把心臟視為人體最重要的器官，是人類生命和智慧的源泉。所以他們在做木乃伊的時候會把心臟留在身體裏。
對於常見的外科和內科疾病，古埃及醫生都有相應的醫療方法。如用刀切開膿腫、切除腫瘤、外用藥物治療潰瘍或燒傷患者、捆綁法治療骨折脫位等；壹種治療內科疾病的藥物，由酒、蜂蜜、鹿茸、龜板、根莖和動物脂肪制成。
古埃及醫學發展最突出的成就是木乃伊的制作，木乃伊可以保持完整的身材數千年，皮膚保持完好。從他們身上，我們甚至可以猜出法老生前安詳的姿態和迷人的微笑。
在埃及的前王朝時期，木乃伊是自然形成的，沒有任何特殊處理。當時人們把屍體埋在淺墳裏，用獸皮或編織物覆蓋，然後再用沙子覆蓋。由於埃及氣溫較高，烈日照射在沙子上，使得屍體很快變幹，保存完好。
進入第四王朝，古埃及人意識到內臟是屍體快速腐爛的壹個重要原因，所以制作木乃伊就有了提取內臟的重要環節。但在古王國和中王國時期，木乃伊保存下來的屈指可數，最重要的原因是防腐技術的發展水平還很低。
到了新王朝時期，埃及木乃伊制作技術日趨完善，出現了有效的屍體脫水和防腐技術。當時，木乃伊制作已經發展成為壹項專門的業務，有專門的防腐師和木乃伊制作作坊。不僅法老和大臣們死後制作木乃伊，許多富有的平民也紛紛效仿。