患者服藥後不久(短至2小時)出現惡心、嘔吐等上消化道中毒癥狀，嚴重者可出現上消化道出血、肝功能異常、血小板減少等。50%的患者有貧血和高血壓。所有患者均有腎功能不全，其中壹半出現非少尿型急性腎功能衰竭。大劑量(關木通總攝入量往往超過50 g)患者可出現少尿型急性腎功能衰竭。服藥後，原發性腎病患者癥狀加重，尿量減少，血肌酐、尿素氮逐漸升高。血尿酸常正常或低於正常。腎臟體積增大或正常，腎錐體增大，皮質回聲可增強。
尿檢可有少量蛋白尿。尿蛋白主要是小分子量蛋白，通常沒有血尿或只有少量均質紅細胞尿。腎小管功能嚴重受損，表現為腎性糖尿、氨基酸尿、腎小管酸中毒。尿視黃醇結合蛋白(RBP)、NAG酶和溶菌酶均顯著升高，尤其是RBP。
絕大多數急性馬兜鈴酸腎病患者無法恢復腎功能，轉為慢性馬兜鈴酸腎病。在治療初期，腎功能嚴重損害的患者需要維持性腎臟替代治療，只有少數患者能恢復正常腎功能。近端腎小管功能可部分恢復，尿糖和氨基酸排泄也可恢復正常。少數報道表明，木通所致急性腎功能衰竭的新生兒腎功能可恢復正常。因此，急性馬兜鈴酸腎病的預後與中毒劑量、腎功能損害程度和年齡有關。慢性馬兜鈴酸腎病主要是由於長期服用含馬兜鈴酸的藥物所致，少數由急性馬兜鈴酸腎病發展而來。大多數患者因頭痛、耳聾、耳鳴、澀味、便秘、腎結石病或慢性腎小球腎炎而患病。
患者發病非常隱蔽，癥狀不典型。早期往往無癥狀，甚至停藥半年或更長時間後出現貧血、乏力、厭食、夜尿癥或低鉀性面癱等癥狀，常被誤診為消化系統或血液系統疾病。確診時腎功能已有不同程度的下降，大多伴有中重度貧血，貧血程度比腎功能損害程度更嚴重。壹半的患者患有糖尿病和/或氨基酸尿。高血壓的發病率有不同的報道，可能與患者的年齡和腎功能損害程度有關。血壓經常輕微到中度升高。b超檢查可見腎臟明顯縮小，腎包膜不規則，可呈裙邊樣改變，或雙腎大小不對稱。而發病初期有大劑量馬兜鈴酸中毒史、病程相對較短的患者，腎臟大小正常，糖尿病、氨基酸尿陽性率仍較高。
血液檢查顯示小細胞色素減退性貧血，白細胞和血小板計數正常。常出現低鉀血癥、高氯性酸中毒、血清肌酐和尿素氮升高。
尿常規檢查可以正常，也可以有糖尿病或少量蛋白尿(尿蛋白定量
慢性馬兜鈴酸腎病停藥後仍可逐漸發展為終末期腎衰竭。少數終末期馬兜鈴酸腎病患者腎移植後未復發。慢性馬兜鈴酸腎病並發泌尿系統腫瘤的發生率很高。終末期“中草藥腎病”患者並發尿路腫瘤的比例高達40% ~ 46%，其中大部分為輸尿管或腎盂癌，少數為膀胱乳頭狀腫瘤，腫瘤呈多竈性。在尿路無明確腫瘤的患者中，組織學檢查仍可發現腎盂和輸尿管上皮細胞有不典型的細胞增生。腫瘤的發生與馬兜鈴酸攝入的累積劑量有關。如果馬兜鈴酸的累積劑量超過200 g，則腫瘤惡變的風險大大增加。
國內也有慢性馬兜鈴酸腎病伴膀胱移行上皮細胞癌的報道。因此，馬兜鈴酸腎病患者，尤其是長期服用大劑量者，在隨訪時應密切註意監測泌尿系統腫瘤，如定期檢查尿脫落細胞、膀胱或輸尿管鏡檢查及組織活檢，早期發現腫瘤。對於可能有惡變、無殘余腎功能或準備腎移植者，可考慮自體腎切除。