1，中藥秘方專利申請流程如下:
(1)秘方所有人應當依法向專利管理部門提交請求書、說明書、摘要、權利要求書等文件；
(二)國務院專利行政部門收到發明專利申請後，進行初步審查壹年半，實質審查三年；
(三)審查通過的，發給發明專利證書。
2.法律依據:《中華人民共和國專利法》第37條。
國務院專利行政部門對發明專利申請進行實質審查後，認為不符合本法規定的，應當通知申請人，要求其在指定期限內陳述意見或者修改其申請；無正當理由逾期未答復的，該申請視為撤回。
第三十九條
發明專利申請經實質審查未發現駁回的，國務院專利行政部門應當作出授予發明專利權的決定，頒發發明專利證書，並同時登記和公告。發明專利權自公告之日起生效。
二、申請專利有什麽要求？
申請專利的要求如下
1，申請人有申請資格；
2.專利的客體應該是發明、實用新型和外觀設計之壹；
3.被授予專利權的發明和實用新型應當具有新穎性、創造性和實用性。