1.有兩種方法可以合法銷售自制膏藥:
(1)申請專利；
(2)把專利賣給大藥廠，簽合同時可以要求利潤分成。國家對藥品生產、銷售設定了行政許可，未按照法定程序取得相應資質和許可，屬於輕微行政違法，屬於嚴重犯罪。只有具備合法銷售資質的廠家才能保證商品順利銷售。只有這樣，合格的膏藥才能安全合法的銷售。
2.法律依據:《中華人民共和國藥品管理法》第四十八條。
藥品包裝應當符合藥品質量要求，便於儲存、運輸和醫療使用。中藥材運輸時要包裝好。每個包裝上應標明名稱、產地、日期和供應商，並附有質量合格標誌。
二、非法經營自制膏藥如何處罰？
如果醫生在治病過程中銷售自制藥膏，如果藥膏是假冒的，則構成生產、銷售假藥罪；否則不構成犯罪。依法生產、銷售劣藥，對人體健康造成嚴重危害的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金；後果特別嚴重的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑，並處罰金或者沒收財產。吸毒人員明知是劣藥而提供給他人使用的，依照規定處罰。