在胃腸功能障礙的治療中，只有通過精神調節和行為改變，才能從根本上調節胃腸功能障礙。傳統治療采用飲食療法、營養支持療法、鎮靜睡眠、解痙鎮痛等綜合治療方法。
[藥物療法]
調節神經功能，改善睡眠。根據病情，可選擇以下藥物和方法。(1)可給予鎮靜劑，如利眠寧、地西泮、氯丙嗪、苯巴比妥、美托洛爾或谷維素。(2)具有解痙鎮痛作用的抗膽堿能藥物，可松弛平滑肌；如顛茄制劑、阿托品、異丙酚等。(3)維生素B6可用於神經性嘔吐。如果嘔吐嚴重，酌情給予冬眠靈、異丙嗪、毒死蜱。(4)腸神經官能癥便秘可給予石蠟油、氧化鎂、安泰樂、植物粘液物質等潤滑劑。腹瀉可以用復方苯乙基哌啶，或0.25%奴佛卡因，或用益盟停灌腸。
[其他治療]
根據疾病的癥狀，可以使用調腸和胃的藥物，谷維素，消化酶，維生素B1等。對於有明顯精神癥狀的患者，給予抗焦慮或抗抑郁藥物，緩解心理障礙。