治療狗的肛門腺炎癥，首先要清潔狗的肛門，待狗被控制後，用蘸有抗生素的棉簽清潔狗的肛門門，尤其是其肛門腺管的開口處。然後用左手拇指輕輕擠壓狗狗的肛腺囊底部，清空其腺體內的分泌物。最後將復方碘甘油註射到肛門腺內，每天三次，直到狗的肛門腺炎痊愈。如果可能的話，可以每周給狗狗的肛門腺消毒壹次，防止細菌在它們的肛門腺滋生。
如果寵物主人進行上述治療後，狗狗的肛門腺炎癥沒有緩解的跡象或者越來越嚴重，建議及時帶狗狗去寵物醫院檢查，了解狗狗病情的具體發展程度，決定是否配合口服消炎藥。