蜂蜜的食用時間很有講究，壹般適合在飯前1-1.5小時或飯後2-3小時食用。但對於腸胃病患者，應根據病情確定進食時間，這樣才能發揮其醫療作用。
因為科學研究和臨床實踐證明，蜂蜜對胃酸分泌有雙重作用。當胃酸分泌過多或過少時，蜂蜜可以起到調節作用，使胃酸分泌正常化。
如果飯前壹個半小時吃蜂蜜，可以抑制胃酸的分泌；如果吃完馬上吃蜂蜜，會刺激胃酸分泌；溫蜂蜜水溶液可稀釋胃液，降低胃液酸度，而冷蜂蜜水溶液可增加胃液酸度，刺激腸道運動，故可用於腹瀉。
因此，胃酸過多或肥厚性胃炎患者，尤其是胃及十二指腸潰瘍湯者，飯前1.5小時吃溫蜂蜜水，既可抑制胃酸分泌，又可使胃酸減少，從而減少對胃黏膜的刺激，有利於潰瘍面愈合；胃酸缺乏或萎縮性胃炎患者應在進食後立即食用冷蜂蜜水。
神經衰弱的人每天睡前吃蜂蜜，可以促進睡眠，因為蜂蜜有安神增智、改善睡眠的作用。