1，放養濾食性魚類
藍藻雖然不容易消化，但由於顆粒較大，更容易被濾食性魚類攝取。因此，放養壹定數量的濾食性魚類有助於延緩和阻礙藍藻的生長。可供選擇的魚類有鰱魚、鰱魚和白鯽。
2.使用優質微生態制劑
利用芽孢桿菌和乳酸菌降解池塘水中過量的有機物，這些微生態制劑與藍藻爭奪生態空間，可以穩定水體，促進綠藻等有益藻類的生長。
3.引進優良藻類抑制其生長。
小球藻是壹種優良的藻種，是抑制藍藻過程中最常見、最有效的產物。但使用時要註意控制好溫度。適合小球藻生長的溫度為20-30℃，在此溫度下小球藻會迅速繁殖生長，整個生命周期約為12天。
4、引水為水
對於藍藻較多的池塘，經常大量更換淡水，可以稀釋藍藻的濃度和藍藻分泌的藻藍蛋白等有毒物質的濃度，促進其他藻類的生長，維持整個生態系統的動態平衡。
5.人工打撈
人工打撈是控制藍藻總量最直接的方法，可以有效減少當地水華災害，在收獲藻類的同時還可以起到輸出營養物質的作用，減少藻類死亡分解造成的微囊藻毒素汙染。