目前提倡單疣壹旦確診，就要手術切除。多發性疣病變數量多，很難壹次性去除。腫瘤切除幾次、幾十次，患者是無法接受的。他們只能選擇性地切除那些有癥狀或阻礙關節活動並伴有肢體畸形的骨軟骨瘤。肢體畸形的矯形外科手術可隨腫瘤切除壹次完成，也可根據其復雜程度分期完成。如果腫瘤壓迫神經和血管或影響關節活動，以及椎弓根外傷和骨折，則有手術切除的指征。
手術的重點是去除基底的骨膜，而不是剝離部分覆蓋的骨膜。軟骨帽和骨膜應壹起切除，以避免腫瘤復發和對骺板的損傷。