對於少數散在的扁平疣，除了塗抹鴉膽子外，還可在疣體表面加100g蒸餾水和5%酒石酸銻鉀溶液，待患處起水泡時即止，再撒硼酸滑石粉促進其幹燥結痂，脫皮後痂立即愈合。如果數量較多，也可以分批進行。
對於疣多的患者，也可將板藍根30克水煎熏洗疣皮，每日2 ~ 3次，用板藍根註射液肌肉註射，每次2 ml，註射兩周為壹個療程，有治療扁平疣的效果。
其他療法包括:病毒靈，每次0.2g，每日3次，1個月為壹個療程；磷酸氯喹，壹日三次，第壹次0.125g，第二、三次0.25g。此法服用1周後，從第二周開始，每次服用0.25g，每日兩次，第三、四周每天只服用0.25g，四周為壹療程；也可以用維生素B12，每次100 mg，每天肌肉註射1次。30天為壹個療程。
另外，保持健康的精神狀態對於治療扁平疣也很重要。即使患了扁平疣，也要覺得舒服，中西醫結合有效治療，壹定能治好扁平疣。