兒童原發性腎盂輸尿管返流的治療應根據不同的檢查結果、不同的病因和分級采取不同的治療方法。治療前應註意以下情況:反流可能自行消失，這與患者年齡及反流程度有關。Duckett(1983)報道，如果能控制感染，二度反流的63%、53%、33%可自行消失。隨著年齡的增長，很多壹到三度的反流可以自愈，但是五度就很難自愈了。
兒童原發性腎盂輸尿管返流嚴重(ⅳ、ⅴ級)的手術治療，兒童原發性腎盂輸尿管返流進行性加重或持續至成年，藥物不能控制的腎盂腎炎反復加重，都需要手術治療。手術的主要目的是延長膀胱黏膜下輸尿管的長度，黏膜下隧道的長度最好是輸尿管直徑的5倍。有明顯擴張的輸尿管應切斷後再行輸尿管膀胱再植。