常用的手術方法有肛瘺切除術,壹般為低位肛瘺或高位肛瘺,切除肛門直腸環以下部分,肛瘺掛線治療,壹般用於肛門括約肌位置相對較高、位置較高的肛瘺。
肛瘺術後應保持肛周清潔,可用中藥熏洗,如止痛乳參湯、苦參湯或五倍子湯。肛周部位應先熏蒸後沖洗,可改善微循環,維持肛瘺創面,促進傷口愈合。應給予抗炎、止血等治療。