急性播散性念珠菌病治愈率低。大部分原因是患者確診較晚，確診時患者病情危重，搶救困難。此外，有些患者尚未確診，但血培養呈陽性。即使治愈，也可能是菌血癥，而不是播散性疾病。抗真菌藥物首選兩性黴素B和5-FC，劑量和療程視病情而定。近年來靜脈滴註氟康唑，每天200~400 mg，20天為1療程，可能需要更長時間。伊曲康唑，每日200 mg，20~30天有效，尤其對白色念珠菌以外的念珠菌屬有效。註意先存的疾病。壹些白細胞減少癥患者可以使用預防性藥物來防止擴散。預防藥物為氟康唑50毫克/天或伊曲康唑100毫克/天。咪康唑滴劑可以作為壹種替代療法。
對於慢性播散性念珠菌病，兩性黴素B加5-FC有效率在60%以上，但容易復發。氟康唑，每天200~400 mg，長期治療有壹定效果，需要幾個月。脂質體兩性黴素B療效較好，但由於成本較高，臨床少見。
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