(1)內口存在:膿腫雖已破裂或引流，但肛竇炎或肛管腺感染等原發感染源仍存在，腸腔內容物可繼續從內口進入瘺口；
(2)肛門不能休息，膿腔不易粘連:大小便時，肛門括約肌常因括約肌收縮或炎癥而處於痙攣狀態；
(3)腸腔內的糞便、腸液和氣體不斷進入瘺管，刺激管壁，使管壁結締組織增生增厚，管腔難以閉合；
(4)膿腫腔引流不暢，或外口狹窄，有時閉合有時塌陷，膿液積聚於腔內，導致膿腫復發穿孔，形成新的分支或瘺管；
(5)管道經常在不同高度穿過肛門括約肌，括約肌收縮阻礙膿液排出，導致引流不暢。