早期治療，首選藥物是紅黴素、羅紅黴素或阿奇黴素，早期應用效果更好。青黴素、鏈黴素、磺胺類藥物壹般無效。
因為紅黴素等抗生素有壹定的副作用，家長要在醫生的指導下給孩子服用，不能自己用藥。咳嗽嚴重者可使用10%氯化銨、迪可糖漿、竹瀝等祛痰止咳藥物。如果嬰兒生病，口服藥物有困難，可以配合更安全的中藥外敷療法，如益氣膏。
生病期間，家長要讓孩子多休息，保持臥室空氣清新。對於支原體肺炎患兒，最佳室溫為18 ~ 20℃，同時保持60%的空氣濕度，防止呼吸道分泌物變幹，不易咳出。家長也要註意給孩子做壹些有營養、易消化的食物，並且要少量多吃，鼓勵孩子多喝水。由於支原體肺炎具有傳染性，容易復發，患病期間要註意隔離和徹底治療。