肉毒中毒患兒早期治療必須強調支持，保持氣道通暢，密切觀察病情。給三價ABE抗毒素。這種藥可以從疾病控制中心的當地州衛生部門獲得。嬰兒肉毒中毒的發病年齡多在6個月以內，報告年齡為6天至11個月。嬰兒食品中不能檢出肉毒桿菌毒素，但兒童糞便中可檢出肉毒梭菌及其毒素。這是由於攝入了肉毒桿菌，肉毒桿菌在腸道中繁殖並產生被吸收的外毒素。嬰兒的腸道菌群與成人不同，缺乏肉毒梭菌的抑制菌，如類桿菌和乳桿菌，肉毒梭菌的孢子可成為繁殖體，大量繁殖。母乳餵養的嬰兒占患者的66% ~ 100%，在母乳餵養的嬰兒添加輔食後1個月左右，此病較為常見。習慣性便秘嬰兒的腸道容易被肉毒桿菌定植。
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