1，較小的肝內膽管結石不會有明顯的臨床癥狀，也不會造成膽道梗阻。這種情況首先要進行定期檢查，必要時可服用溶解藥物進行對癥治療；
2.膽管梗阻，尤其是膽管擴張明顯、膽管炎癥的結石，需要通過手術進行膽管切開取石。如果受累膽管局限於某個肝段或肝葉，特別是鄰近肝臟已經發生肝纖維化甚至肝硬化，建議通過手術將受累肝段或肝葉連同膽管、肝內膽管結石壹並切除；
3.部分肝內膽管結石彌漫於左右肝臟。在這種情況下，可以進行肝移植或膽管擴大和膽腸吻合術，盡可能地取出結石，保證膽道引流通暢。