溶菌酶能有效水解細菌細胞壁中的肽聚糖，其水解位點是N-乙酰胞壁酸(NAM)的碳原子65438和N-乙酰氨基葡萄糖(NAG)的碳原子4之間的β-1.4糖苷鍵。
肽聚糖是細菌細胞壁的主要成分，由NAM、NAG和肽“尾”(由四個氨基酸殘基組成)組成。NAM和NAG通過β-1.4糖苷鍵連接，而肽“尾”通過D-乳羧基連接在NAM的第三個碳原子上。
肽尾由肽橋(肽鍵或少數氨基酸)連接。NAM、NAG、肽尾和肽橋共同形成肽聚糖的多層網絡結構，充當細胞壁的骨架。
鹽的直接結晶:
在蛋清中加入壹定量的鹽如碘化物或碳酸鹽，調節pH值至9.5-10.0，溶菌酶會以晶體的形式慢慢析出，而大部分蛋白質仍在溶液中。
在超濾、濃縮和脫鹽後，為了獲得純產物，通過結晶純化酶溶液，在超濾後，用NaOH將pH調節至9.5，並通過離心除去。緩慢攪拌上清液，加入5%的NaCl，靜置壹周，得到粗晶體。
將晶體溶解在pH 4.6的乙酸水中，然後在除去不溶物後重結晶。晶體的最終產率約為60%。即每千克蛋清可獲得近1.3 g重結晶產物，其活性為8000U/mg。