蒼蠅可傳播50種疾病，其中影響畜禽養殖的重要疾病，如禽流感、新城疫、口蹄疫、豬瘟、多殺性巴氏桿菌病、大腸桿菌病、球蟲病等，在疾病暴發時可加速疫病的傳播。畜禽舍內大量蒼蠅會導致鳥類躁動不安，汙染蛋殼。
糞便中蛆蟲的活動會導致雞舍內氨含量增加，影響雞的生產性能。還會導致牲畜精神焦慮，畜群相互摩擦、撕咬，造成外觀損傷，降低肉質等級。
畜禽精神狀態差，運動量過大，降低了肉料比，增加了飼養成本，降低了效益。此外，蒼蠅可以傳播多種人類傳染病，從而威脅員工的健康。