壹、保守治療，主要針對直徑小於五厘米的巧克力囊腫，癥狀並不嚴重，部分沒有生育要求的人可以使用壹些口服藥物或者壹些鎮痛藥物來緩解癥狀。
二、手術治療，卵巢巧克力囊腫常破壞輸卵管或卵巢，故常並發不孕。如果已經實現正常性生活兩年以上沒有懷孕，就要在腹腔鏡下剝除巧克力囊腫，探查輸卵管的通暢情況，也就是輸卵管引流。
第三，對於痛經、月經過多的女性，可以去曼月樂環，緩解痛經、月經過多的癥狀。
因此，應根據患者的具體情況，在醫生的指導下選擇和應用不同的治療方法。