治療滴蟲病，壹般不建議使用抗生素，因為即使使用了抗生素，貓的糞便中仍然可以看到滴蟲病，所以抗生素似乎對治療這種疾病沒有作用，不能解決根本問題，所以不建議使用抗生素。Ronodazole可能對治療有效。這種藥已經被證明適用於貓，所以使用時要小心，因為用多了會有壹些副作用。羅硝唑的副作用主要有抑郁、共濟失調、顫抖和痙攣。
壹般來說，與成年貓相比，大多數感染了臭毛滴蟲的貓不會產生嚴重的影響，不會像微小那樣威脅到貓的生命。沒有經過羅硝唑治療的貓的腹瀉癥狀可以在壹段時間後自行緩解。