1.教育和康復訓練是最有效和最重要的治療方法。目標是促進兒童語言發展，提高兒童社會交往能力，掌握基本生活技能和學習技能。
2.心理治療我們經常使用行為療法，其主要目的是強化已經形成的良好行為，糾正影響社會交往和傷害自己的異常行為，如刻板行為、攻擊行為、自殺或自殘等。
3.治療是藥物療法。目前還缺乏能夠改變自閉癥病程，改善核心癥狀的藥物。如果患者伴有明顯的神經系統癥狀，威脅到自己或他人的安全，或嚴重幹擾患者的教育和康復訓練，影響日常生活，則可能需要使用有氣味的藥物進行對癥治療。
如果患者有此類自殺、攻擊或破壞性行為，或妄想性精神病癥狀，可使用氯喹、喹硫平、奧氮平、新型布南色林和魯拉西酮，也可嘗試非典型抗精神病藥物。壹般來說，初始劑量要小壹些，小劑量要逐漸加大。如果患者有壹些註意力缺陷的癥狀，可以使用哌甲酯和托莫西汀等藥物治療多動癥和註意力缺陷。有些患者會出現癲癇發作，所以這種情況下可以用丙戊酸鈉和奧卡西平控制癲癇發作。此外，有報道稱，自閉癥患者與海豚、鯨魚、海豚等動物之間的訓練已投入康復訓練，部分患者已有明顯改善和提高。