瓜莖疫病又稱黑腐病，發病率高達30 ~ 50%，主要危害主蔓和側蔓。
可采用百菌清300倍液加大蒜油15-20ml連續兩次小面積澆灌病重植株和病株周圍2-3米範圍內的植株根部，間隔1天，然後根據病情在第二次施藥後間隔3-5天鞏固施藥1次；其余可用500倍溶液穴位沖洗1-2次預防，間隔3-5天。