對於肺心病來說，最重要的基礎治療是抗炎治療，肺心病癥狀加重，多由呼吸道感染誘發，所以合理控制感染是最重要的壹步。建議必要時對患者進行痰培養和藥敏，有助於選擇更合理的抗生素，提高療效。
在抗炎的基礎上，可結合利尿劑和擴血管藥治療。臨床上比較常見的利尿劑是呋塞米，它有助於消除水腫，減少血容量，從而降低右心室前負荷。但如果患者有黏痰和血濃，則應減少利尿劑的用量，以免誘發腦栓塞。對於合並嚴重低鈉血癥的肺心病患者，可選擇托伐普坦進行利尿劑治療。利尿的同時，也要註意防止離子紊亂。
在治療肺心病的同時，也要註意預防其並發癥。比較常見的並發癥有肺性腦病、心律失常、消化道出血、深靜脈血栓形成等。建議患者可以長期進行家庭氧療，每天吸氧6至8小時即可。最好選擇醫用氧，相對效果更好。註意定期監測離子和血氣分析，早期發現患者是否存在酸堿失衡和電解質紊亂。尤其是房顫患者，應註意聯合抗凝治療。抗凝藥物最好選擇新的口服抗凝藥，如達比加群和利伐沙班。