用1沖洗結膜囊，避免覆蓋:結膜囊分泌物較多時，用滅菌生理鹽水或含抗生素的生理鹽水或3%硼酸水沖洗結膜囊，既可清除分泌物，減輕眼部刺激，又可盡可能清除病原體。沖洗時要註意保護對側健康眼，避免感染。因為遮蓋會使結膜囊溫度升高，分泌物難以排出，加速傳染性病原體的繁殖，加重病情，所以應避免遮蓋患眼。
外用:感染性結膜炎應選用廣譜抗生素滴眼液或抗病毒滴眼液，急性期以頻繁滴眼為主，1-2小時壹次，根據病情減少次數；或者根據微生物培養和藥敏試驗結果選擇抗生素。過敏因素引起的結膜炎，可選用抗過敏滴眼液或非甾體抗炎藥。患者可以在晚上塗抹眼膏。
全身治療:對於淋球菌性結膜炎、新生兒結膜炎、沙眼衣原體性結膜炎，局部用藥應與全身用藥相結合。患有過敏性鼻炎或全身過敏的患者應給予全身用藥。