先秦兩漢時期是中國灸法形成的重要時期，出現了以《黃帝內經》為代表的大量著作和以張仲景為代表的名醫。
在《黃帝內經》中，艾灸作為壹項重要內容被系統介紹，強調“針刺不為其所欲，而灸宜”。艾灸有升降、滋陰壯陽、祛寒邪、通經絡、舒氣血等多種功效。《皇帝內經》也提到“以火補之者，不吹其火，必自取滅亡；用火凈化的人，用病吹火的人，傳播他的愛，需要他的火熄滅。同時也指出了艾灸的禁忌:陰陽兩虛或陰陽兩實、陽亢、熱郁。《黃帝內經》在壹定程度上奠定了艾灸的基礎。
東漢時期，醫聖張仲景在強調藥物治療的同時，非常重視艾灸。《傷寒論》中關於艾灸的文章有十二篇，主要論述了艾灸的禁忌和壹些疾病的艾灸治療。並提出“陽證宜證，陰證宜灸”的觀點。這些都對後世醫家產生了重要影響。
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