1.公司與加盟商的關系不同:同仁堂直營店屬於總部，屬於同壹個資本，由總部直接經營、集中管理，而加盟商則由獨立加盟商經營，但這些加盟商必須遵循公司總部的規定和標準。
2.利潤分配不同:同仁堂直營店利潤歸公司所有，加盟店利潤由加盟商獲得。