(1)光能的利用，如藍藻。
(2)根據硝化細菌等物質氧化過程中釋放的能量，可以利用NH3氧化過程中釋放的化學能，
NH3既是氮源又是能源。
自養微生物是可以自己生產的生物。壹般利用化學能，如硫細菌、鐵細菌、硝化細菌等。許多微生物是異養的，包括腐生的和寄生的。大多數真菌是腐生的，如蘑菇、木耳、銀耳、酵母等。，還有少數是寄生在活的動植物上的，如肺炎球菌等。所有的病毒都是寄生的。
根據微生物所需碳源和能源的不同，微生物的營養類型概括如下。