長期食用蜂王漿可能會引起過敏反應。由於蜂王漿中含有壹定量的外源蛋白(非人類外源蛋白)，少數過敏人群食用蜂王漿後可能會出現過敏反應，從胸悶、皮疹、皮膚瘙癢等異常反應到呼吸困難、意識喪失甚至過敏性休克。長期食用蜂王漿可能會引起內分泌失調，因為蜂王漿中含有壹定量的激素和類激素成分，其中短期少量食用壹般不會對身體造成很大影響，但長期大量食用蜂王漿可能會破壞體內激素平衡，甚至會因體內激素失衡而引發壹系列健康問題。
蜂王漿中含有雌激素，兒童服用後容易引起性早熟，所以不建議兒童服用蜂王漿。孕婦在孕期服用少量蜂王漿，不利於胎兒的生長發育，嚴重時可引起流產。蜂王漿含有花粉。壹旦人對花粉過敏，不建議服用蜂王漿。蜂王漿會引起胃腸道收縮，使胃腸道疾病患者病情加重。
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