食物的任何烹飪方法都可能改變食物的理化性質，微波加熱也會改變食物的品質。不同的食物，不同的營養素對它們的影響是不壹樣的。相關研究資料表明，微波加熱後，並不是所有的營養素都會產生不良影響，食物的營養價值也會降低。相反，微波加熱在保存維生素、抑制微生物和保存酚類化合物方面具有相對優勢。如果微波加熱溫度和加熱時間合適，合理使用微波爐，加熱的食物不會產生致癌物，營養成分也不會損失太多。
微波爐的正確使用:
首先，微波加熱食物時應避免使用塑料和金屬容器。使用微波爐飯盒時，加熱前應先取下蓋子。保鮮膜和紙杯也是如此。高溫會使有害物質揮發並滲透到食品中，給消費者帶來危害。金屬容器在微波爐中加熱時會產生火花，不僅會損壞爐體，還會引起爆炸。所以加熱時要用微波爐專用容器。在日常烹飪中，最好不要用微波爐油炸食物，因為高溫會使油光飛濺，從而導致火災；
其次，使用微波爐時不要直視爐門。雖然人體皮膚可以阻擋微波輻射，但科學研究表明，輻射會損傷晶狀體，造成混濁。