1、學校的等級不同。
江西中醫藥大學科技學院是經國家教育部批準成立的公辦全日制本科獨立學院，先後榮獲“全國先進獨立學院”、江西省高校先進基層黨組織”、“江西省高等學校招生計劃管理工作先進集體”等光榮稱號，是壹所三本院校。而江西中醫藥大學使壹所二本院校。
2、頒發的證書不同。
江西中醫藥大學科技學院是由江西中醫藥大學申辦，畢業後頒發的是江西中醫藥大學科技學院的畢業證和學位證。江西中醫藥大學畢業後辦法的是江西中醫藥大學的畢業證和學位證。
3、學校的性質不同。
江西中醫藥大學是公立大學，而江西中醫藥大學科技學院是民辦大學。