急性壞死性小腸結腸炎與C型產氣莢膜梭形芽孢桿菌產生的腸毒素有關。產氣莢膜桿菌所產p毒素，可被腸內胰蛋白酶水解失去致病作用，長期營養不良患兒，及經常食用含豐富胰蛋白酶抑制劑食物的患兒，均可使腸內胰蛋白酶活性顯著下降，增加發病機會。