肺炎球菌莢膜多糖疫苗誘導免疫保護的主要機制是通過激活機體的免疫系統，產生針對肺炎球菌莢膜多糖的特異性抗體，從而保護機體免受肺炎球菌感染。
肺炎球菌莢膜多糖疫苗含有來自不同血清型肺炎球菌的莢膜多糖，這些多糖能夠刺激機體的免疫系統產生特異性抗體。這些抗體可以結合到肺炎球菌表面的莢膜多糖上，從而阻止肺炎球菌黏附到宿主細胞上，防止感染的發生。肺炎球菌莢膜多糖疫苗還可以誘導機體產生細胞免疫反應，包括 T 細胞和自然殺傷細胞的活化，從而增強機體對肺炎球菌的清除能力。