再生障礙性貧血的預後因骨髓衰竭的程度、患者的年齡、治療是否及時以及所采用的治療方法等因素而各不相同。
急性型再生障礙性貧血，起病急驟，病情發展迅速，骨髓中造血細胞嚴重缺乏及伴有嚴重感染或出血，尤其是顱內出血。除非骨髓移植成功，壹般療效較差，病死率高，占91.6％。多在起病後壹年內死亡，嚴重者可在數月甚至數周內死亡。因貧血、感染及出血致死者，慢性再生障礙性貧血占24.6％。
慢性型再生障礙性貧血，由於采用適當的治療，患者的骨髓增生過低和全血細胞減少較輕，病情穩定，不再發展也不再進步，這類患者可生存多年，甚至20年以上。
兒童患者預後較好，用藥物治療的療效比成人要好。早治療比晚治療的療效要好。支持療法可改善患者的體質，防止出血和感染，對延長生命以待骨髓功能逐漸恢復具有重要的意義。致死的主要原因是嚴重感染和顱內出血。
治療得當，極少數患者可完全恢復；尚有部分患者經過幾月或幾年，血和骨髓象有較明顯進步，但不能完全恢復正常。