急性腸胃炎如果是明確的感染性的腹瀉，可以使用抗生素來治療。壹般的來講，如果不是壹個感染性的腹瀉，偏向於胃腸功能紊亂的使用抗生素的治療是不推薦的。除此之外，像黃連素，如果是表現在夏秋季節的壹個泄瀉，中醫中藥在這方面有壹定優勢。葛根青蓮湯、藿香正氣散治療夏秋季節的暑濕泄瀉還是有壹定的效果的。
急性腸胃炎必要時應當使用微生態制劑，主要針對腸道菌群失調的患者，在醫生的指導下服用培菲康、整腸生、麗珠腸樂等微生物制劑，這些藥物可以抑制患者腸道內的細菌以及病毒，還可以促進腸上皮的修復，除此之外患者可服用壹些中藥，酌情使用腸炎寧片、霍香正氣水等藥物，處在治療過程中飲食方面要合理安排，多補充新鮮的蔬菜或者是水果，保證飲食的清淡，禁忌刺激性較為嚴重的食物。