乙肝抗病毒治療的指征可以概括為，只要處於活動期的乙肝就需要抗病毒治療。乙肝病毒感染以後，可以表現為多種不同的疾病狀態，比較常見的為乙肝病毒攜帶者或者是活動性乙型肝炎，只有處於活動性的乙肝，出現肝臟的炎癥損傷、纖維化等，才需要進行抗病毒治療。
我國乙肝相關指南明確規定抗病毒治療的指征：對於大三陽患者來說，谷丙轉氨酶達到正常值上限的兩倍以上，病毒定量大於10的6次方，需要進行抗病毒治療；而對於小三陽，谷丙轉氨酶達到正常值上限的兩倍以上，病毒量大於10的5次方以上，就需要進行抗病毒治療；而對於乙肝肝硬化來說，無論肝功能的情況如何，只要病毒定量是陽性，就需要抗病毒治療。