南瓜根為幾原型根

南瓜的根系容易木栓化，受損傷後再生力弱。據吉澤夫斯基觀察：印度南瓜根尖分生組織區含有7層形成層狀細胞，隨著根的生長，最外圍的細胞增大成熟後成為根冠，中部的衍生細胞分化成中柱及皮層，鄰近的旁側細胞分化成表皮，被稱為開放的分生組織類型，是葫蘆科南瓜和豆科等特有的。據觀察，南瓜的側根發生在初生根發育的早期，即原生韌皮部正在分化之時，和原生木質部發育之前。南瓜的篩管是蔬菜植物中最大的，其平均直徑可達0.05mm。