1、治療方式不同：物理治療是以患者自身情況與疾病為基礎，采用主動和被動運動相結合，通過改善、代償和替代的方法，改善神經肌肉功能，提高肌力耐力、心肺功能和平衡功能，達到防病治療的壹種方法；物理因子治療是利用自然界中或人工制造的物理因子作用於人體，以治療與預防疾病。
2、分類不同：物理治療主要分為運動療法和物理因子療法；物理因子治療包括電療、冷療、熱療、光療、聲療、水療等。