經常腹瀉的原因較多，可能由功能性疾病引起，也可能由器質性疾病引起。
功能性疾病中最常見的是腸易激綜合征，但目前為止發病機制尚不明確，認為由綜合因素導致，包括腸道長期低度炎癥、腸道動力紊亂、內臟高敏感性、腸道菌群改變、神經系統功能紊亂等因素。
治療需針對病因進行調整，可用調整腸道動力的藥物，如曲美布汀、匹維溴銨，也可用調整腸道菌群的藥物，如雙歧桿菌、布拉氏酵母菌等。還可用調整神經功能的藥物，如調節神經遞質的藥物，包括抗焦慮、抑郁藥物進行綜合治療。
如果是器質性病變，如潰瘍性結腸炎，是壹種特殊的炎癥性腸病，可根據患者不同情況，選擇美沙拉嗪、激素、免疫抑制劑、生物制劑等進行相應治療。所以經常腹瀉的原因不同，采取的治療方法也不同。出現癥狀時，應及時到醫院就診，醫生通常會建議患者進行相關檢查，以明確診斷，之後再針對疾病治療，才能夠比較好地控制癥狀。