1.臨床診斷依據：
a)口唇或生殖道皰疹史，或本次發病有皮膚、黏膜皰疹。
b)起病急，病情重，有發熱、咳嗽等上呼吸道感染的前驅癥狀。
c)明顯精神行為異常、抽搐、意識障礙及早期出現的局竈性神經系統損害體征。
2.化驗及輔助檢查依據：
a)血常規檢查：可見白細胞輕度增高。
b)EEG：常出現彌漫性高波幅慢波，以單側或雙側顳、額區異常更明顯，甚至可出現顳區的尖波與棘波。
c)頭顱CT檢查：大約有50%的HSE患者出現局竈性異常（壹側或兩側顳葉和額葉低密度竈），若在低密度竈中有點狀高密度竈，提示有出血。在HSE癥狀出現後的最初4~5天內，頭顱CT檢查可能是正常的，此時頭顱MRI對早期診斷和顯示病變區域幫助較大，典型表現為在顳葉內側、額葉眶面、島葉皮質和扣帶回出現局竈性水腫，MRI T2相上為高信號，在FLAIR相上更為明顯。盡管90%的患者在1周內可以出現上述表現，但壹周內MRI正常不能排除診斷。
d)CSF常規檢查：壓力正常或輕度增高，重癥者可明顯增高；有核細胞數增多 [(50~100)×10∧6/L]，可高達1000×10∧6/L，以淋巴細胞為主，可有紅細胞數增多，除外腰椎穿刺損傷則提示出血性壞死性腦炎；蛋白質呈輕、中度增高，糖與氯化物正常。
e)CSF病原學檢查：包括：① 檢測HSV特異性IgM、IgG抗體：采用Western印跡法、間接免疫熒光測定及ELISA法，采用雙份血清和雙份腦脊液做HSV-1抗體的動態觀察，雙份腦脊液抗體有增高的趨勢，滴度在1∶80以上，病程中2次及2次以上抗體滴度呈4倍以上增加，血與腦脊液的抗體比值<40，均可確診；② 檢測CSF中HSV-DNA：用PCR檢測病毒DNA，可早期快速診斷，標本最好在發病後2周內送檢。
f)腦活檢：腦活檢是診斷單純皰疹病毒性腦炎的金標準。可發現非特異性的炎性改變，細胞核內出現嗜酸性包涵體，電鏡下可發現細胞內病毒顆粒。
3.確診依據：
a)雙份血清和腦脊液檢查發現HSV特異性抗體有顯著變化趨勢。
b)腦組織活檢或病理發現組織細胞核內包涵體，或原位雜交發現HSV病毒核酸。
c)CSF的PCR檢測發現該病毒DNA。
d)腦組織或CSF標本HSV分離、培養和鑒定。 1)帶狀皰疹病毒性腦炎：帶狀皰疹病毒可以長期潛伏在脊神經後根以及腦和脊髓的感覺神經節，當機體免疫力低下時，病毒被激活、復制、增殖，沿感覺神經傳到相應皮膚引起皮疹，另壹方面沿神經上行傳播，進入中樞神經系統引起腦炎或腦膜炎。本病多見於中老年人，發生腦部癥狀與發疹時間不盡相同，多數在皰疹後數天或數周，亦可在發病之前，也可在無任何皰疹病史。臨床表現包括發熱，頭痛，嘔吐、意識模糊，***濟失調、精神異常及局竈性神經功能缺失征。病變程度相對較輕，預後較好。患者多有胸腰部帶狀皰疹的病史，頭顱CT無出血性壞死的表現，血清及CSF檢出該病毒抗體和病毒核酸陽性，可資鑒別。
2)腸道病毒性腦炎：該類病毒除引起病毒性腦膜炎外，也是病毒性腦炎的常見病因之壹。多見於夏秋季，呈流行性或散發性發病。表現為發熱、意識障礙、平衡失調、癲癇發作以及肢體癱瘓等，壹般恢復較快，在發病2～3周後癥狀即自然緩解。病程初期的胃腸道癥狀、CSF中PCR檢出病毒核酸可幫助診斷。
3)巨細胞病毒性腦炎：本病臨床少見，常見於免疫缺陷如艾滋病或長期應用免疫抑制劑的患者。臨床呈亞急性或慢性病程，表現意識模糊、記憶力減退、情感障礙、頭痛和局竈性腦損害的癥狀和體征。約25%患者MRI可見彌漫性或局竈性白質異常。CSF正常或有單核細胞增多，蛋白增高。因患者有艾滋病或免疫抑制的病史，體液檢查找到典型的巨細胞，PCR檢測出CSF中該病毒核酸可資鑒別。
4)急性播散性腦脊髓炎：多在感染或疫苗接種後急性發病，表現為腦實質、腦膜、腦幹、小腦和脊髓等部位受損的癥狀和體征，故癥狀和體征表現多樣，重癥患者也可有意識障礙和精神癥狀。因病變主要在腦白質，癲癇發作少見。影像學顯示病竈在皮質下白質多發病竈，以腦室周圍多見，分布不均，大小不壹，新舊並存，免疫抑制劑治療有效，病毒學和相關抗體檢查陰性。而HSE為腦實質病變，精神癥狀突出，智能障礙較明顯，少數患者可有口唇皰疹史，壹般不會出現脊髓損害的體征。