《針灸甲乙經》是壹部匯編性著作，它是根據《素問》、《針經》(即《靈樞》)、《明堂孔穴針灸治要》三部書的內容編纂而成的。皇甫謐認為“三部同歸，文多重復，錯互非壹”，於是“撰集三部，使事類相從，刪其浮辭，除其重復，論其精要，至為十二卷”。目的則在於便於學習，便於應用。拿現存的《內經》對照來看，皇甫謐在編纂《甲乙經》時是下了壹番選材和整理功夫的。《內經》的主要內容，幾乎都被本書選錄，所以本書雖為針灸專著，但實際上把中醫的基本理論都包括在內了。