1．革蘭陽性菌細胞壁特殊組分胞壁較厚(20~80nm)，由內向外有
肽聚糖含量豐富(15~50層)，多層聚糖骨架通過四肽側鏈、五肽交聯橋，組成堅韌的三維立體框架，結構致密。
磷壁酸革蘭陽性菌的特殊組分。大量磷壁酸以長鏈形式穿插於肽聚糖中,壹端結合在細胞壁上的稱壁磷壁酸，結合在細胞膜上的稱膜磷壁酸或脂磷壁酸(LTA)，另壹端遊離於肽聚糖層外。磷壁酸抗原性強，是革蘭陽性菌重要的表面抗原；有類似菌毛樣的粘附特性，與致病性有關。溶菌酶可破壞肽聚糖的聚糖骨架，引起菌體裂解。青黴素能幹擾五肽交聯橋與四肽側鏈D-丙氨酸之間的連結，導致細菌死亡。
表面蛋白某些細菌表面存在有特殊蛋白質，例如:A族鏈球菌--M蛋白，金黃色葡萄球菌--A蛋白。
2．革蘭陰性菌細胞壁特殊組分胞壁較薄(10~15nm)，結構較復雜，由內向外有肽聚糖含量少(1~2層)，無五肽交聯橋，由不同聚糖骨架上的四肽側鏈進行交聯，呈疏松的二維結構。外膜8~10nm，為革蘭陰性菌特有，包括脂蛋白、脂質雙層、脂多糖三部分。脂多糖(LPS)是革蘭陰性菌的內毒素，又由三種成分構成：脂質A(LipidA)為壹種糖磷脂，是內毒素的毒性部分，與其致病性有關。核心多糖是屬特異性抗原。寡糖重復單位革蘭陰性菌菌體抗原(O抗原)，具有種特異性。
革蘭陽性菌和陰性菌細胞壁結構顯著不同，導致這兩類細菌在染色性、抗原性、致病性、對藥物敏感性等方面差異很大。
革蘭陽性菌與革蘭陰性菌細胞壁的比較
結構 革蘭陽性菌 革蘭陰性菌
細胞壁厚度及強度 較厚、較堅韌 較薄、較疏松
肽聚糖含量 豐富(占胞壁幹重50％~80％) 較少(占10％左右)
磷壁酸 有 無
外膜 無 有
對溶菌酶、青黴素敏感性 敏感 不敏感