1、功能不同
病原體指可造成人或動植物感染疾病的微生物、寄生蟲或其他媒介。
抗原是指能引起抗體生成的物質。它為任何可誘發免疫反應的物質。外來分子可經過B細胞上免疫球蛋白的辨識或經抗原呈現細胞的處理並與主要組織相容性復合體結合成復合物再活化T細胞，引發連續的免疫反應。
2、作用不同
病原體是因為特異性的免疫力的問題，大多是因為淋巴細胞對於的抗原的問題，抗體是需要註意避免引起的抗原的襲擊，抗體也是比較容易產生的。
主要是屬於記憶細胞的情況，抗原主要是在於和淋巴細胞進行的免疫反應引起的任何的物質反應，之後就是出現的抗原情況，主要是避免產生的過敏癥狀。
3、種別不同
病原體壹定是生物，而抗原既可是非生物，也可是生物。
擴展資料：
抗原結構特點：
1、異種物質
從生物進化過程來看，異種動物間的血緣關系越遠，則免疫原性越強。如馬的血清和各種微生物與人的血緣關系遠，所以免疫原性強。而馬的血清與驢、騾的血緣關系近，所以免疫原性相對就弱。
2、同種異體物質
如人的紅細胞抗原物質和人的白細胞抗原等。
3、自身物質
自身物質壹般不具免疫原性。有些物質如隱蔽的自身成分，在正常情況下與免疫系統是隔絕的。但是壹旦屏障遭到破壞，這些物質進入血流，即可與免疫活性細胞接觸而成為自身抗原異物。
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